GPT-4发布28天,CMU团队让AI自己设计并跑通了化学实验
Breaking Boundaries: AI CoScientist to Accelerate Science Research with Gabe Gomes, Professor at CMU
CMU 教授 Gabe Gomes 与 Nathan 谈 Coscientist 如何用自然语言设计化学实验并普及科学知识。
Nathan Labenz 读化学本科时,在 M. Christina White 的组里做本科科研,这个组是发展钯催化氧化反应的顶级团队之一。他的任务听起来很朴素:优化一个反应。具体动作是,把 4.5 毫克的醋酸钯称进小瓶,加粉末、加溶剂,调温度调配比,测产率,再换一组参数重来。同样的称重,他一年重复了大约一千次。他自嘲,那感觉更像一个低级毒贩,不太像科学家。整整一年,真正把产率往前推的发现只有一个:某一版反应里,酸加得越少,效果反而越好。
2023年3月14日,GPT-4 发布。卡内基梅隆大学(CMU)化学与化学工程教授 Gabe Gomes 带着学生,4月11日就挂出了预印本,前后 28 天。12月,论文正式登上 Nature,题目是《基于大语言模型的自主化学研究》,系统取名 CoScientist,能查文献、写代码、调用机器人和云实验室,自己把实验做出来。
在这期 Cognitive Revolution 里,Gomes 把整件事的来龙去脉讲了一遍:一条凌晨的 Slack 消息,一个 5000 万美元建起来的云实验室,一场 20 轮的优化游戏,还有他因为「要不要公开代码」失眠的那几个月。
「AGI 来了」:一条 Slack 消息点燃的二十八天
Gomes 的组 2022年1月才在 CMU 成立,规模很小。2022年10月起,他们试着微调 GPT-2 和 BERT 去做科学任务,做得很苦。GPT-3.5 出来后他看到了希望,又在一场小型会议上听了 Andrew White(如今在 FutureHouse)的演讲,形容对方「像是见到了上帝」。
转折在 3月14日。学生丹尼尔·博伊科发来 GPT-4 白皮书的截图,Gomes 的第一反应是「这是梗图吧」。凌晨两点,他坐在沙发上用手机读完了 PDF,被一个红队案例击中:GPT-4 为了让人帮它过验证码,谎称自己有视觉障碍,而且成功了。他的原话是「这太疯狂了」。
他用 API 拼了个粗糙原型,周五做完。周日早上六点,他醒来时冒出一个念头:可以让系统从自然语言一路通到能跑实验的代码。他把想法发给博伊科和另一位合作者罗伯特·麦克奈特,附上那个原型,学生们后来压根没用它,因为太糙了。第二天,博伊科在 Slack 上发来截图,配文「AGI is here」。Gomes 回他:「这种事不能开玩笑。」赶到办公室看完演示,他服了:瓶子里确实有闪电,英语真的能直接变成实验。
之后是不停歇的冲刺。当时 LangChain 还不存在,像样的向量数据库也难找,所有框架都得自己搭。Gomes 反复强调,速度是学生挣来的,博伊科「算得上天才」,麦克奈特在 MIT 时就跟 Emerald 云实验室打过交道。预印本提交那晚,他正在外地筹备参加一场婚礼,确认稿件发出去才去睡。GPT-4 发布到预印本挂网,28 天。
云实验室:把人称粉末的时间还给科学
CoScientist 接的是什么硬件,决定了它的想象空间。CMU 建了全球第一个学术云实验室,初始投入约 5000 万美元,合作方是创办于南旧金山的 Emerald Cloud Lab。概念类似云计算:一座仓库里放着几百种仪器,每种还有多台副本,配上技术员和机器人。实验以代码形式提交,远程执行,人坐在世界任何角落都能下单。称固体至今仍难自动化,还得靠人;移液这类活,机器人早就包了。
Nathan 给反应优化打过一个比方,很像海战棋:先朝棋盘乱轰一炮,命中后围着那个点把整艘船摸出来。传统优化就是这样,一次只动一个变量,慢慢蹭。Gomes 补充,现在的主流早就是贝叶斯优化和高斯过程,他自己的组这几年在做的事,是把反应机理的信息塞进优化算法的核函数里。
Gomes 真正在意的账是另一笔。他在节目里问:一个人因为要照顾孩子或父母,去不了实验室,难道就做不了科学吗?智力应该花在思考断键成键上,花在称粉末上的每一分钟都是浪费。全合成实验室的工时长得惊人,反应动辄过夜、要花 12 小时缓慢降温,反应时间从不配合任何人的育儿安排,这种文化拖慢进度,也不健康。把体力活交给机器,是他对「科学民主化」的具体定义。顺带说明,他在披露环节讲明,自己担任 Emerald Cloud Lab 的 AI 科学顾问。
系统骨架:一个规划器,四件工具
CoScientist 的结构如今看很眼熟,在当时是趟出来的:中央规划器由一个 LLM 担任,最好是最强的那个;网络搜索、文档搜索也各由 LLM 负责;在 Docker 里执行代码、调用 API 操控真实硬件,这两件是纯工具,不靠 LLM。设计思路部分来自卡尼曼的系统一与系统二:慢思考交给规划器,确定性操作交给工具。有人问这是一个 agent 还是一群 agent,Gomes 觉得问题问偏了:各司其职,整体打包才叫 CoScientist,纠结数量没有意义。
数学问题靠工具兜底。Nathan 做过 GPT-4 红队,提交给 OpenAI 的报告标题是「世界上最差的化学导师」:他扮演一个听不懂的学生,把化学计量比算错,GPT-4 会跟着一起糊涂。可只要让它写代码去算,原理它懂,数字就不会错。让 LLM 在 Docker 里跑代码这个关键设计,正是博伊科提出来的。
文档搜索是最硬的一块。Emerald Cloud Lab 用一种基于 Mathematica 的专用语言写实验,网上资料有限。Nathan 早期让 GPT-4 直接写,它一本正经地编出了语法逼真的假代码,以假乱真到需要专门求证。Gomes 组能做成,一半靠博伊科的老本行:他在莫斯科州立大学读有机化学硕士期间,在 VK 做过搜索和计算机视觉,知道怎么在不算大但也不小的文档空间里做检索。另一半靠 Opentrons,这家布鲁克林小公司的移液机器人开源硬件、软件和 Python API,GPT-4 写出的代码基本能跑,碰上版本不匹配,它会自己说「我修一下」。他们顺着这个问题搭出了检索增强,也就是现在满大街都在说的 RAG,只是当时还没有这个名字。这项工作与 Andrew White 和 EPFL 的 Philippe Schwaller 的 ChemCrow 同期,两篇预印本背靠背挂上 arXiv,一个证明 LLM 会用化学工具,一个证明它能端到端做实验。
论文列了六项能力:
- 利用公开数据,为已知化合物规划合成路线,团队叫它 text to protocol;
- 高效检索和导航冗长的硬件与软件文档;
- 下达高层指令;
- 下达底层微控指令;
- 把前几项组合成完整工作流,自主规划、设计、执行并分析实验;
- 做优化。
名字起作 CoScientist 而非 CoChemist,因为系统与领域无关,生物和材料科学的未发表结果也一样能跑。一个细节值得一提:有台仪器发布晚于 GPT-4 的训练数据截止,它纯靠上下文窗口里的文档学会了操作。Gomes 举过一个场景:化学生物学家想给癌细胞表面挂荧光标记,自己不会那门偶联化学,过去要等别人开发出完整方案或试剂盒,现在一句话丢给 CoScientist 就能开跑。顺带说一句,博伊科已经和 Gomes 联合创办公司,把这套系统做成带护栏的商业产品。
优化反应:20 轮游戏,不输贝叶斯优化
第六项能力最接近 Nathan 当年的工作。Gomes 组把反应优化写成一个游戏:20 次迭代,目标最大化产率,给定可用化学品和变量清单,其中一个算例的搜索空间约 5500 种可能。这是论文里最贵的一次计算实验,反复跑了很多遍。结论是,CoScientist 与他们采用的贝叶斯优化相比,成绩相当或更好。
更值钱的是解释。贝叶斯优化给出一个建议点,人说不出为什么;CoScientist 会讲人话:「换一个带更强吸电子基团的添加剂,其余条件不变。」产率涨了,规划器就记下这条经验,接着往这个方向探,撞上瓶颈再换思路,和人类研究者的路数一模一样。Gomes 把这叫「化学推理」。一个能给出理由的优化器,比一个只吐数字的黑箱有用得多。
但 Gomes 反复泼冷水:这套东西远非完美,会犯「蠢得离谱」的错误,有些简单分子的合成规划,有机化学本科生都会,它不会。强大的机器,偶尔犯傻,两件事同时为真。好在这有解法,MIT 的 Connor Coley、EPFL 的 Schwaller 等人做的逆合成工具都是现成的,接上就能补课。
他还借机提了一个行业积弊:失败数据不进论文,可它们对优化算法一样值钱,负数据会告诉你地图上哪块别去。物理科学该改改只发正结果的老习惯了。至于 Nathan 那一年唯一的发现,他的判断是,GPT-4 挑变量、改变量的水平,大概率强过当年的本科实习生。
三条工程经验,和一道真实的门槛
第一条,目标优先,工具第二。Gomes 承认自己总想追最尖端的东西,学生反而务实,劝他「用这个简单的东西,能干活就行」。早期他们连向量数据库都没用,numpy 就够了,提示词、工具调用、检索全靠大量 A/B 测试磨出来。不需要最复杂的软件,也能做出漂亮的工作。
第二条,别把所有需求塞进一个大上下文窗口。上下文暴涨之后,他们依然保留规划器加多模块的拆分,因为拆开的效果就是比塞在一起好。大上下文的用武之地在别处:他们即将发表的新工作,是让量子化学计算软件能听懂人话,那类软件出了名地难学,长上下文在那里帮得上大忙。
第三条,模型门槛是真实的。GPT-3.5 连稳定输出 JSON 都费劲,优化任务里越跑越差;GPT-4 越跑越好。同一个脚手架,模型差一档,结局就是两条方向相反的曲线。另外,只要工具已经存在,GPT-4 就能直接调用,他们有个「酶的 Netflix」项目,AlphaFold 这类专用模型被当成工具用。Gomes 的判断是,通用模型亲手训练出专用模型,只是时间和算力问题。他还留下一句挺提气的话:过去做工程要区分「可能」与「可行」,现在不必了,只要能做成的,就是可行的。
他也点出一个反差:一张图片和一次化学实验的数据成本,差着几个数量级,物理科学至今没有自己的 ImageNet 时刻。他的组正在试着造一个。
失眠的那几个月,与一个变短的博士
预印本里有一段显眼的声明:不发布提示词和代码,因为系统没有护栏。Nature 正式版把这段缩成小字,但保留着。Gomes 承认,此后好几个月他睡不好觉,担心这套东西被拿去干坏事。
他的立场分几层。他不担心快起飞,认为那些推演依赖太多未知的假设;他担心的是已经存在于世界上的能力被滥用。他反对扼杀技术,认为一切取决于意图,工具本身无善恶;监管上他建议参考功能增益研究的框架,奥本海默式的类比他不认同。两种流行态度他都不买账:一种说「这跟网络安全里的老问题一模一样」,他说不一样;另一种喊末日,他说也不是。
具体动作是,GitHub 上放了一个版本,最让人担心的部分哪里都拿不到;ChemCrow 也加了显式的安全模块;云实验室反而成了安全资产,所有操作全程留痕,元数据巨大,来源可查,Emerald 自带安全检查,但他的评价是「远远不够」。政策跑得比他预期快,拜登的行政令、英国 AI 安全峰会、后续的韩国和法国会议,他都点名认可,还给一贯谨慎的 Anthropic 说了公道话。
「到今天为止,我还给不出一个让自己安心的答案,来回答什么时候可以放开。」
这是他被问到「什么条件下发布完整系统」时给出的原话。不回避,也不敷衍。
团队还有一段未公开的视频:同一个任务,CoScientist 用大约 4 分钟给出了能直接运行的代码;一位非常优秀的研究者,15 分钟后交出的代码还跑不起来。有人追问 Gomes 到底发现了什么新东西,他的回答是:
「发现的是我们即将发现的东西。这是几百年来做事方式的一次更换。」
预印本里有一段后来删掉的开放式测试:让系统去攻克癌症之类的大问题,它转头去做大麻素,因为网上相关资料最多。训练数据里的偏见,就这么漏进了科研决策。至于「涌现」这个词引发的审稿风波,他懒得争:把它当作「没专门训练却有了能力」的代称就好,一个 27 亿参数的小模型 Phi-2 都能解大学物理题,纠结词没有意义。
至于未来的博士,Gomes 的预期很直接:耗在机械操作上的时间会大幅缩水,博士可以更短,问题可以更大、更交叉。他的博士后导师、多伦多大学的 Alán Aspuru-Guzik 是机器学习化学这个领域的开山人物之一,如今也在猛推这件事。他自己组里的方向是聚糖和糖类的新反应,那是被化学难度卡住多年的生物学空白,Carolyn Bertozzi 2022年的诺贝尔化学奖正打开这扇门。他的原话是:「我们不再被那些花大量时间、却推进不了知识的事情拖住。这会很棒。」
最后是可以照做的三件事:
- 做科研的人:找出自己领域里那个「要啃好几天文档才能调」的仪器或软件,把文档喂给带代码执行能力的大模型,让它从一句自然语言生成可运行脚本,从最小的一次调用开始验证,一周内就知道省不省时间。
- 做 agent 的工程师:先写清目标再挑工具,规划与执行拆成两个模块,别指望一个大上下文包打天下;顺手把失败数据记下来,它们和成功数据一样值钱。
- 缺人手的信号很明确:Gomes 在节目里直接喊话,物理科学需要 AI 工程师,与其再做一个 AI 女朋友,不如用 Claude 帮着找下一个候选药。
In this episode, Nathan sits down with Gabe Gomes, Assistant Professor at Carnegie Mellon University, and researcher behind Coscientist: the first non-organic, intelligent being to design, plan, and execute a chemistry experiment. They discuss how Coscientist allows scientists to use natural language to control remote experiments on Emerald Cloud Lab, how it will democratize scientific knowledge, and accelerate the pace of research. If you need an ecommerce platform, check out our sponsor Shopify: https://shopify.com/cognitive for a $1/month trial period.
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