一个模型包揽14项医疗任务:谷歌Med-PaLM M,写放射报告40%的时候赢了人类医生
E55: Google’s Multimodal Med-PaLM with Vivek Natarajan and Tao Tu
Vivek Natarajan 与 Tao Tu 介绍 Med-PaLM M 如何用大规模医疗数据训练,并讨论其能力与局限。
2023年8月,谷歌发布了Med-PaLM M。同一个模型,同一套权重,同时看得懂病历文本、皮肤病照片、病理切片、胸部X光、乳腺钼靶,甚至基因测序数据,一共承担14项医疗任务,多项刷新当时的最优成绩,剩下几项也逼近专用系统的水平。在放射报告生成的盲评里,AI写的报告有超过40%的概率被评为优于人类放射科医生的报告。
这是播客Cognitive Revolution第55期的内容,主持人Nathan Labenz是创业者兼AI投资人,这次请来了论文的两位核心作者,第一作者Tao Tu和末位作者Vivek Natarajan,两位都是谷歌的研究科学家。几个月前Vivek刚上过这个节目,讲的是纯文本模型Med-PaLM 2在医师执照考试题上达到专家级的事。几个月后,模型长出了眼睛,还学会了读基因。Nathan说,这种以前不敢想的事,现在几乎成了预期之内。
医学本来就是多模态的,AI也该如此
Vivek解释了动机:医生日常就在跨模态工作,读病历、看影像、查化验单、盯生命体征和传感器数据,把这些信息拼在一起,才能真正理解病人的处境。想让AI真正参与诊疗,模型必须多模态。
通用型智能体在别的领域有先例。DeepMind的Gato用一套权重干过600个任务,能聊天、能看图,还能给叠积木的机器人和雅达利游戏当控制策略。谷歌自家的PaLM-E也是类似思路,只不过原本是给机器人设计的。医疗数据的独特难度在于模态太杂、数据太敏感,没人确定这条路在医疗上能不能走通。Vivek说,团队的习惯是把标准定高,去追最有野心的版本,所以直接奔着“通用生物医学AI智能体”去了。
团队给自己定了两个验收标准。第一,通用模型得追上那些打磨多年的专用系统,比如已经进入全球临床试验的乳腺钼靶筛查模型,达不到就没实用价值。第二,当大量生物医学数据被塞进同一个模型、用语言作为共同基础时,能不能出现正迁移和组合泛化,少样本学习能不能更高效。这两个问题光靠推理回答不了,只能先造出来再看。
基因数据怎么变成一张图
六种模态里,照片和影像都好理解,基因测序数据怎么进模型,是个技术活。Tao介绍了来龙去脉:谷歌基因组团队2018年前后开发了DeepVariant,一个变异检测模型,思路是把基因序列转成三维张量,当成图像去做分类,因为当年深度学习最擅长的就是图像分类。这个模型在precisionFDA挑战赛上连年夺冠,后来还成了斯坦福大学Euan Ashley教授团队创下全基因组快速测序世界纪录的关键组件,那项工作发表在《新英格兰医学杂志》上。
Med-PaLM M借用了这个编码思路,把张量重新塑形,喂给视觉Transformer。所有模态统一转成图像,每张图变成256个token,交给语言模型统一消化。生成式框架的好处在这里显现:连分类任务都能变成文字生成,模型直接输出“疑似这个变异”“疑似湿疹”这样的判断,替代了以前输出一串分类概率向量的做法。
有个细节得单独拎出来讲:基座模型PaLM-E完全没见过医疗数据。团队拿它做基线测试,开箱表现相当差。这个对照反过来证明了医疗领域微调和医疗数据专精的价值,光有一个强大的通用底座远远不够。
炼丹真相:300次实验、一袋技巧和谷歌的算力底座
外面看是里程碑一个接一个,里面看是大量试错。Tao翻了翻实验日志,四个月跑了大约300次实验。12B模型训练一轮约两小时,562B模型一轮要几周。训练数据总共约100万个样本,文本侧每条大概20个token,每张图256个token。对比PaLM预训练时吃下的约7800亿token,微调的计算量只有基座模型的1%到10%。
这套系统的组装方式也透着模块化:PaLM 8B语言模型加4B视觉编码器,拼成12B的PaLM-E,参数直接相加就能协同工作。技巧清单比外人想象的朴素:
- 先逐个任务单独调通,再混在一起训练,反复调各任务的数据比例,防止模型被样本量最大的胸部X光数据带偏;
- 每个任务配一条纯文本示例当指令模板,告诉模型该怎么作答;
- 多图输入训练太费算力,就用文本标签代替真实图像,模型照样学会图像的概念,之后能泛化到多张X光、多次随访的场景;
- 任务混训后出现梯度不稳定,上专门的稳定化技巧;
- 放射科医生Chuck帮着写胸部X光任务的提示词,像真人读片一样分步骤:看哪里、怎么汇总发现、怎么写报告,模型跟得很好。
Vivek总结得很直白:训练大模型就是组装一袋合理的技巧,没有多少秘密新知识,全靠把它们以正确的方式拼起来,累积出超预期的提升。他还补了一句,GPT-4的团队会告诉你同样的话。Nathan接话说,这种散落在顶尖组织手里的细节诀窍,本身就是护城河。
微调方法上也有经验可讲。Med-PaLM 1用的是prompt tuning这种省参数的路子,Med-PaLM 2换成全参数微调,效果更好。团队试过冻结语言模型只调视觉,也试过LoRA这类低秩方法,结论一致:数据量够的时候,全参数端到端微调收敛更快、效果更好,省出来的算力可能远比看上去少。
为什么几个月就能出成果?答案是站在巨人肩膀上。Pathways是Jeff Dean提出的大规模机器学习编排系统,能把巨型多任务多模态模型铺到成千上万块加速芯片上训练,谷歌用的是自研TPU v4。配合JAX生态,transformer里海量的矩阵乘法被优化到极致,包括训练时芯片之间传递激活值和梯度的通信。模型放大到562B,单块芯片装不下,得做模型并行,把模型切片分到不同芯片,再叠加数据并行,也就是复制多份模型各自吃一段数据、把梯度加总进入下一轮,组成立体网格。芯片数量是硬约束,芯片少十倍,两小时就变两周。
论文署名50多人,深度机器学习背景的大概8到10人,其余是临床医生、法务、数据合规和项目管理。Vivek特别强调,数据授权、合规这些贡献在论文署名里常被忽略,但他们坚持把做这些事的人写进作者名单。项目没有自上而下的命令,是一群研究者觉得这事可行,自己凑到一起。PaLM和PaLM-E的原作者也在名单里,随时答疑。Vivek说,AI研究已经过了爱因斯坦式单人英雄的时代,是群体协作的产物,署名大方一点,行业实验室比学术界更容易做到。
562B没有明显强过62B,瓶颈卡在眼睛上
论文报告了三个尺寸:12B、62B、562B。按常理,越大越强。实际结果,中杯和大杯表现差不多。原因找到了:语言模型从8B一路放大,视觉编码器却停在22B的ViT-22B,而且它预训练时看的是自然图像,几乎没见过医学影像。语言容量和视觉容量严重失衡,视觉端成了瓶颈,拖住了整体表现。
分类任务最能暴露这个问题。判断一张皮肤病照片是不是湿疹,语言模型要生成的就几个词,语言能力再强也用不上,真正决定成败的是看懂图像的能力。另外,所有任务共享同一套输入图像尺寸,X光报告生成用的分辨率比专用模型小得多,又压了一层性能。
Nathan提到GPT-4技术报告里那条平滑得离谱的loss预测曲线,用千分之一大小的模型就能预测GPT-4的最终loss。Vivek说纯文本领域确实如此,就算从医学换到法律,token还在同一个空间里,可以外推。可一旦进入多模态,把各自优化好的部件拼在一起,预测力就掉了,只能靠实验说话。Tao补充,视觉编码器是从自然图像迁移过来的,得先单独验证它能适应医学影像,再去接语言模型,这些事只有做了实验才知道。
好消息是,团队清楚每个可以拧的旋钮:让模型自适应处理不同分辨率的图像、调整各模态的token数量、给视觉编码器补医学预训练。他们把这版工作定位成概念验证,下一代模型的提升空间明确摆在那里。
没学过肺结核,却能看出肺结核
论文里有个案例值得细看:肺结核。训练数据里的胸部X光带14种常见临床观察标签,比如心脏扩大,肺结核不在其中。测试时换了一个采集中心的X光片,主要病灶是肺结核,模型不但指出异常,还说出了空洞型病灶这个肺结核的特征性表现,并且定位了病灶位置。8B模型完全做不到,62B和562B都可以。更妙的是,教模型认识肺结核这个概念,需要的样本数是零,一句语言描述就够。把一切映射到语言的好处在这里兑现:语言成了跨模态的通用接口,描述一个新概念不需要新数据。
“涌现能力,就是你没有预测到它会出现的现象。”
Vivek这样定义。他承认团队内部为要不要用这个词争论过,社区里刚有一篇论文质疑涌现能力,认为很多所谓涌现只是度量方式造成的假象。Tao泼了点冷水:肺结核案例仍算分布内的插值,毕竟X光还是X光。他更期待模型对眼底照片这种完全没见过的模态做推理,早期证据有希望,但还有距离。
监管的框子,装不下全科AI
离临床还有多远?两位作者的回答很诚实:这个问题连他们自己、连谷歌内部都答不了。现行监管把AI当“软件医疗器械”管理,前提是系统只做一件事,能力边界清楚,可以量化验证。全科AI的交互方式爆炸式增长,旧框架套不上,FDA的定义和今天的模型已经对不齐。
Nathan提了个思路:直接做系统级对照试验,把模型交到人手里,六个月、一年后看健康结果。Vivek认为这可能是合理路径。Med-PaLM 2目前的做法是先给受信任的测试者使用,收集反馈改进安全性和有效性,团队还专门设计过一批对抗性问题去试图攻破它,防止模型输出带偏见的内容、放大训练数据里已有的健康不平等。Nathan追问,要是有人拿它问法律问题怎么办。Tao说这是所有AI系统的通用难题,护栏工作会持续做下去。
安全问题上,Vivek给出一个有意思的观察:医疗是个受约束的领域,比起谈论哲学和诗歌的通用聊天机器人,医疗AI的安全和对齐问题反而更可解,一些在通用场景下行不通的方法,在医疗场景里变得可行。约束换来了可验证性,这也是谷歌选择从医疗切入的原因之一。被问到是否被监管卡住,Vivek的回答是,模型能力和安全对齐还有很多工作要做,可以和监管讨论并行推进;这么大的技术变革,社会花时间慎重讨论是应该的,重要的是把事情做对,同时保持紧迫感。
从走30英里看医生,到口袋里的AI医生
Vivek的动力来自成长经历。他在印度长大,身边很多人一辈子没看过医生,看病意味着在酷热里走三四十英里路、停工几天、饿着肚子。他做医疗AI十年,动机始终没变。医疗行业最大的三个问题,可及性、成本、质量,恰好都是AI今天就能直接改善的,没有哪个行业像这样,最大的问题和AI的能力对得这么齐。
Tao的动机偏学术,神经科学出身,他想用AI加速科学发现。语言模型读过PubMed上所有生物医学文献,如果这份知识能帮着找到阿尔茨海默病、帕金森病的新基因生物标志物,改变的就远不止医疗效率,还有医疗本身的边界。
Vivek说,把世界级AI医生放进口袋,已不再是科幻。但他同时强调,真实世界验证、临床试验,都还在非常早期的阶段。下一代系统已经在路上:更模块化的架构,接上更强的语言模型,任务基准从14项继续扩,蛋白质组学等新数据排队进来。
三件事明天就能用上:
- 评估医疗AI产品时,先问它是单任务模型还是通用模型。通用模型的短板常在视觉端,别只看参数量,62B和562B打平的教训就摆在眼前;
- 放射报告40%胜过医生这个数字,指向“AI出初稿、医生做审核”的工作流,相关岗位的分工调整已经可以开始规划;
- 想跟进这个方向,直接去读论文"Towards Generalist Biomedical AI",重点盯三个变量:模块化架构、任务基准扩展、蛋白质组等新模态。
In this episode, Nathan sits down with Vivek Natarajan and Tao Tu of Google’s Med-PaLM, diving into how they used one of the world’s largest medical datasets ever compiled to develop Med-PaLM M, an AI agent specialized in medical tasks. In this episode, they discuss: Med-PaLM M's “clinically superhuman” abilities and limitations, the rigorous testing and validation that went into the model, and their vision for AI to take over repetitive clerical tasks and allow doctors to focus on patients.
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TIMESTAMPS:
(00:00) Episode Preview
(00:00:56) Introducing Vivek Natarajan and Tao Tu
(00:04:18) The story of Google’s Medical AI research progress
(00:07:11) Multi-modal Med-PaLM
(00:10:32) Genomic data - how do you represent it?
(00:11:13) Google’s Deep Variant
(00:14:44) The successes and failures behind the incredible pace of progress
(00:15:02) Sponsors: Netsuite | Omneky
(00:21:54) Google’s research culture and assembling an interdisciplinary team
(00:31:36) Google’s Pathways
(00:33:40) Med-PaLM M's architecture
(00:37:28) Working with 3 different model sizes and what you learn
(00:46:56) Data and compute required for Med-PaLM M
(00:49:38) Med-PaLM M's cycle time
(00:54:56) Is a bridge or adapter structure worth implementing?
(01:00:09) Can we create an AI doctor?
(01:02:39) Emergent capabilities like identifying tuberculosis
(01:09:37) Reactions to these emergent capabilities
(01:11:13) Moving towards clinical trials and real-world testing
(01:13:01) Regulatory and safety considerations
(01:15:03) AI safety in the healthcare domain
(01:17:00) Potential to transform healthcare access worldwide
LINKS:
Med-PaLM: https://sites.research.google/med-palm/
Med-PaLM M paper: https://arxiv.org/abs/2307.14334
Our earlier conversation with Vivek Natarajan on Med-PaLM: https://www.youtube.com/watch?v=nPBd7i5tnEE
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